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Dépistage des infections génitales à Chlamydia trachomatis

Suite aux recommandations de la HAS, les méthodes qui utilisaient la culture cellulaire, la détection d'antigènes par immunofluorescence ou ELISA et la détection du génome de Chlamydia trachomatis par biologie moléculaire sans amplification ont été supprimées de la Nomenclature Des Actes De Biologie Médicale (NABM) le 4 novembre 2011. La sensibilité ou la spécificité de ces méthodes ont été jugées insuffisantes.

Actuellement seule une technique est inscrite à la NABM : il s’agit de la recherche d’ADN ou d’ARN de Chlamydia trachomatis par amplification génique in vitro.

 

Prélèvement et transport

 

Échantillon

Conteneur – Transport –Conservation

Chez l’HOMME

Prélèvement du premier jet des urines (10 mL maximum).

Le recueil s’effectue dans un pot stérile (contenant éventuellement du borate) après une continence d’au moins 3 h afin que les cellules urétrales soient présentes dans les urines, indispensable pour rechercher cette bactérie intracellulaire.

Transport : Le prélèvement est stable pendant 24-48 h à température ambiante ou une semaine à + 4°C.

Un prélèvement urétral peut aussi être réalisé (avec un écouvillon introduit sur 3 à 4 cm en raclant légèrement l’urètre) mais  cette technique est plus douloureuse pour le patient.

L’écouvillon sera placé dans un milieu de transport permettant l’extraction des acides nucléiques pour l’amplification génique.

Chez la FEMME

Le prélèvement de l’endocol (écouvillonnage) est le prélèvement le plus adapté au diagnostic. Il peut être associé à un prélèvement urétral ou vaginal pour augmenter la probabilité de retrouver le microorganisme.

 

Tests d'amplification génique

Les trousses actuelles présentent à la fois une bonne sensibilité (> 95%, c’est-à-dire moins de 5% de faux négatifs) et une bonne spécificité (> 95%, c’est-à-dire moins de 5% de faux positifs).

Les cibles d’amplification peuvent être :

  • une séquence d’ADN localisée dans un plasmide appelé « plasmide cryptique » qui est commun à tous les sérovars de Chlamydia trachomatis (plasmide présent en 7 à 10 exemplaires par bactérie)
  • des fragments d’ARNr.

Des contrôles internes d’amplification permettent de s’assurer que l’échantillon ne contient pas d’inhibiteurs de l’amplification.

Un variant génétique de Chlamydia trachomatis présentant une délétion de 350 pb sur le plasmide cryptique a été identifié en Suède en 2006. Or les amorces du test de détection par PCR sont localisées dans la région du plasmide ayant disparu : ce variant n’est donc pas détectable par les tests ciblant cette région. Une seule souche ayant cette mutation a été détectée en France.

 

Tableau 3 : les différentes techniques d’amplification génique appliquées à Chlamydia trachomatis

 

Les méthodes d'amplification génique sont présentées sur d'autres pages de ce site :

 

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