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Analyse microbiologique d’un prélèvement oculaire

Pour les infections superficielles, le traitement est souvent probabiliste. L’analyse microbiologique d’un prélèvement oculaire se justifie dans les cas suivants :

  • infections superficielles avec des critères de gravité (menace visuelle, risque de perforation, survenue en post-opératoire, suspicion d’infection fongique ou amibienne) ou chroniques (résistance au traitement probabiliste) ;
  • systématiquement pour les infections endo-oculaires.

 

Modalité de prélèvement et de transport

Les prélèvements doivent être réalisés, si possible, avant toute antibiothérapie.
Les modalités de prélèvement varient selon la localisation de l’infection et de l’agent microbien recherché.

Conjonctivites

Il faut prélever le maximum de sécrétion. Le prélèvement doit donc être réalisé avant la toilette faciale. Il se fait habituellement à l’écouvillon en frottant légèrement la conjonctive inférieure en partant de l’angle externe pour aboutir à l’angle interne de l’œil.
Le prélèvement doit être acheminé rapidement au laboratoire. Pour éviter qu’il se dessèche, il sera plongé dans un petit volume d’eau physiologique (le volume ne doit pas être trop élevé pour ne pas le diluer). Si l’analyse ne peut être immédiate, il faut le placer dans un milieu de transport (type milieu de Stuart).
Pour la recherche de Chlamydia trachomatis, il faut gratter davantage le dessous des paupières afin de recueillir des cellules (un cytobrush® peut être utilisé, il est ensuite placé dans un milieu de transport spécifique).

Kératites

Le diagnostic est urgent, les prélèvements et la mise en culture sont réalisés par l’ophtalmologiste. Le prélèvement se fait par grattage des bords de l’ulcération cornéenne avec un vaccinostyle après anesthésie locale.
Il existe des kits de prélèvement standardisé comprenant l’ensemble des outils nécessaires au grattage et à l’ensemencement.
En cas de port de lentilles, le boîtier, le liquide de conservation et les lentilles sont également analysés.

Infections endo-oculaires

Il s’agit ici aussi d’une urgence.
Le prélèvement est une ponction de l’humeur aqueuse ou de l’humeur vitrée réalisé par l’ophtalmologiste.
L’analyse doit être réalisée sans attendre.

Dacryocystites

Le prélèvement est réalisé au niveau du canal lacrymal.

Blépharites

Il faut arracher quelques cils à la pince à épiler. Les cils sont déposés dans une goutte d’eau physiologique.

 

Examens microscopiques

Préparation des lames

Généralement deux lames sont préparées. Une lame est colorée au MGG et l’autre au GRAM.
Pour les prélèvements d’humeur aqueuse et d’humeur vitrée, une cytocentrifugation est nécessaire. Une lame supplémentaire peut être préparée pour une coloration de Ziehl.

Interprétation

Pour les prélèvements de surface de l’œil

Pour beaucoup d’espèce, il est difficile de déterminer si leur présence est pathogène ou pas.
La flore commensale étant pauvre, il faut tenir compte de la quantité de bactéries présentes.
Cette flore est constituée essentiellement de staphylocoques et de corynébactéries. Elle est différente chez les porteurs de lentille de contact (présence d’une majorité de bacilles à Gram négatif comme les Pseudomonas spp et les entérobactéries).

L’observation du frottis coloré au MGG permet d’orienter le diagnostic. Sur un prélèvement de surface d’un œil sain, on observe quelques cellules épithéliales, quelques granulocytes neutrophiles et des bactéries de la flore commensale.

Le tableau 1 montre comment les résultats de ces examens microscopiques orientent le diagnostic.

Tableau 1 : Orientation du diagnostic en fonction des observations microscopiques

examen microscopique prélèvement oculaire

Pour les prélèvements endo-oculaires

Le diagnostic est plus simple car l’humeur aqueuse et l’humeur vitrée sont normalement stériles.

 

Mise en culture

Pour les infections oculaires

Les milieux doivent convenir aux différents germes susceptibles d’être rencontrées dans ces prélèvements. Les milieux suivants sont ensemencés :

  • Gélose chocolat enrichie incubée à 37°C sous 5 à 10% de CO2 pendant 3 à 5 jours ;
  • Gélose au sang incubée à 37°C en anaérobiose pendant 3 à 5 jours ;
  • Gélose Sabouraud et bouillon Sabouraud incubée à 37°C en aérobiose pendant 21 jours  ;
  • Bouillon pour bactéries anaérobies strictes (type Schaedler) incubé à 37°C pendant 3 à 5 jours.

Pour les ponctions d’humeur aqueuse et d’humeur vitrée, les milieux sont ensemencés avec le culot de centrifugation du prélèvement. Il faut ajouter aux milieux précédents des milieux de culture pour les mycobactéries (Bouillon MGIT et Loewenstein-Jensen). Tous les milieux sont observés pendant un mois.

Pour certaines espèces, le diagnostic repose sur des méthodes d’amplification génique : Chlamydia trachomatis, virus (Herpes virus 1 et 2, VZV, CMV et Adenovirus), acanthamibes.

Pour les prélèvements périoculaires

Dans le cas de dacryocystite et de blépharite, il convient d’ensemencer :

  • Gélose chocolat enrichie incubée sous 5 à 10% de CO2 pendant 3 à 5 jours à 37°C
  • Gélose Sabouraud pour la recherche des champignons incubée à 30 °C pendant 21 jours

 

Tableau 2 : Étiologie des infections oculaires en fonction de la localisation de l’infection

étiologie infection oculaire

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