Comme toutes les infections urinaires ne donnent pas lieu à un examen au laboratoire, il est difficile d’obtenir des données épidémiologiques précises sur les agents étiologiques.
D’après différentes études, Escherichia coli, est de loin l’espèce la plus fréquente et ce quel que soit le contexte.
A l’hôpital, les agents étiologiques sont plus variés que dans les infections communautaires. Les souches résistantes aux antibiotiques et les levures y sont plus fréquemment isolées.