Flore commensale du tube digestif

Profil général de la flore du tube digestif

L’acidité gastrique est un premier rempart contre les bactéries exogènes. Ainsi, les bactéries introduites par les aliments et la salive ne peuvent se multiplier dans l’estomac et y meurent pour la plupart. Seuls subsistent, en très petit nombre, des Streptococcus et des Lactococcus (concentration comprise entre 10² et 10³ UFC/g). Notons qu’Helicobacter pylori, une espèce responsable d’ulcère gastrique est capable de survivre dans cet environnement très acide.

Les sujets gastrectomisés (ablation de l’estomac) et les sujets dénutris (ph gastrique moins acide) ne bénéficient pas de ce premier rempart et sont plus vulnérables aux infections intestinales.

De l’estomac au colon, le nombre de bactéries va en croissant. Les bactéries anaérobies strictes apparaissent au niveau de l’iléon et deviennent ensuite largement majoritaires.

Fig.5 : Flore microbienne du tube digestif
© Canopé

Composition de la flore du colon

Le colon de l’homme est peuplé d’une flore commensale abondante et variée : environ 10¹¹ bactéries par gramme de matière fécale et 450 espèces différentes.

Les bactéries s’implantent dès la naissance pour donner une flore endogène qui devient stable à partir de l’âge d’un an. Selon l’âge, la composition de la flore du colon est la suivante :

• chez le nouveau-né : les premières selles sont appelées méconium. Il est formé de cellules desquamées et de mucus. Il est généralement stérile mais contient quelquefois des bactéries anaérobies strictes.
• chez le nourrisson allaité au sein : très forte proportion de bacilles lactiques Gram + comme Bifidobacterium bifidum.
• chez l’enfant de plus de 1 an et l’adulte, on trouve :
  • 99 % de bactéries anaérobies strictes (Gram + ou Gram -), ce qui explique que la majeure partie de la flore intestinale observée au Gram ne soit pas revivifiable sur des cultures placées en aérobiose. C’est la flore résidente dominante.
  • 1% de bactéries aérobies, c’est la flore résidente sous dominante, on y trouve :
    • des entérobactéries : essentiellement Escherichia coli mais aussi Citrobacter, Klebsiella, Proteus et Enterobacter… à l’exception toutefois de Salmonella et de Shigella dont la signification est toujours pathologique,
    • des entérocoques (E. faecalis, E. faecium et E. durans)
  • En dehors des espèces largement répandues précédemment citées, on peut également trouver, en petite quantité, des Pseudomonas, des levures (Candida albicans est présent dans 50 à 60% des coprocultures), Staphylococcus aureus… C’est la flore dite fluctuante.

Fig.6 : Frottis de selles coloré au Gram (X1000)
© Pascal Fraperie

On parle de déséquilibre de flore lorsqu’une de ces flores devient majoritaire (> à 90%) : invasion par un microorganisme pathogène ou sélection d’une souche multi-résistante après un traitement antibiotique.

Rôles de la flore commensale intestinale

La flore commensale joue deux rôles importants :

Premièrement elle exerce un « effet de barrière » ou « résistance à la colonisation » en s’opposant à l’implantation de microorganismes exogènes quotidiennement ingérés et potentiellement pathogènes. On explique cet effet barrière par des mécanismes complexes et multiples :

• occupation des sites d’adhésion sur la muqueuse intestinale, empêchant ainsi d’autres microorganismes de s’y fixer ;
• compétition pour des substrats nutritifs ;
• production de substances inhibitrices tels que les acides organiques (notamment d’acide lactique), les bactériocines (qui bloquent la croissance ou détruisent les bactéries en transit).

Remarque : certains traitements antibiotiques, en bouleversant la flore commensale, réduisent cet effet barrière.

Deuxièmement, la flore a un rôle nutritif. En dégradant de nombreux nutriments (protéines, stérols, lipides membranaires, glucides non digestibles comme la cellulose,) elle produit des métabolites qui sont ensuite assimilés. En outre, elle synthétise plusieurs vitamines (en particulier B12, K).