Commercialisé depuis 2010, ce test permet de détecter les souches appartenant au complexe tuberculosis à partir d’échantillons d’origine respiratoire et d’urine. Pour lire la fiche technique, cliquez sur le lien suivant : GenoQuick® MTB.
La procédure comporte 3 phases :
- une extraction d’ADN à partir des échantillons décontaminés de patients (kit Genolyse) (30 min) ;
- une amplification multiplex à l’aide d’amorces différemment marquées (R1 et R2 sur le schéma) (3 h) ;
- une détection des amplicons sur une bandelette (10 min).
Une séquence spécifique du complexe tuberculosis et une séquence commune aux bactéries sont amplifiées par PCR. Juste après leur formation, les amplicons simple brin s’hybrident avec des sondes spécifiques contenues dans le mélange amorces/nucléotides. Ces sondes sont marquées par un fluorophore.
La révélation des amplicons se fait avec une bandelette présentant :
- dans la zone de dépôt de l’échantillon, une matrice contenant des anticorps de souris anti fluorophore marqués à l’or colloïdal ;
- dans la zone de lecture des sites de fixations spécifiques capables de reconnaître les marqueurs fixés aux amorces.
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En pratique, on immerge l’extrémité de la bandelette dans une solution contenant les hybrides amplicon-sonde.
Le mélange migre alors par capillarité emportant avec lui les anticorps libres et ceux fixés aux hybrides amplicon-sonde jusqu’à être capturés au niveau des sites de liaison spécifique.
Cette capture se traduit par une bande visible sur la bandelette. Ainsi, des bandes colorées peuvent apparaître à 3 niveaux :
- la zone « CC » (contrôle conjugé) doit présenter une bande. Elle permet de s’assurer de l’efficacité du conjugué et de la migration. Elle contient des anticorps anti anticorps de souris.
- la zone « AC » (contrôle d’amplification) doit présenter une bande. Cela exclut toute erreur durant les phases de pré-amplification et d’amplification, ainsi que la présence d’inhibiteurs de la taq polymérase. Il contient un site de fixation au marqueur fixé sur les amorces (R2 sur le schéma) reconnaissant une séquence d’ADN commune aux bactéries.
- la zone « MTB » est la zone permettant de détecter la présence dans l’échantillon d’une séquence spécifique au complexe tuberculosis. Il contient un site de fixation au marqueur fixé sur les amorces (R1 sur le schéma) reconnaissant une séquence d’ADN spécifique aux mycobactéries du complexe tuberculosis.
La sensibilité atteint 95-100% lorsque l’examen microscopique est positif, mais n’est en revanche que de 50-70% pour les prélèvements respiratoires lorsque l’examen microscopique est négatif.
On le réserve donc aux seuls prélèvements présentant des BAAR. Éventuellement on l’utilisera lorsqu’un faisceau d’éléments oriente vers une tuberculose.
Sa spécificité est en revanche excellente, proche de 100%.
