L’analyse microbiologique des sécrétions bronchopulmonaires est complexe. Nous allons dans un premier temps présenter les difficultés rencontrées puis dans un second temps, les solutions mises en œuvre.
L’existence de cette flore commensale est problématique pour deux raisons :
Cette flore, très abondante est composée par :
Effectivement cette flore constitue un problème car elle peut masquer les microorganismes responsables d’une infection. En outre, les principales espèces bactériennes (H. influenzae, S. pneumoniae, S. aureus) responsables des pneumopathies communautaires, voire nosocomiales, peuvent être présentes à l’état commensal dans l’oropharynx.
Alors, pour faciliter l’interprétation des résultats, il est nécessaire :
Certaines bactéries fréquemment responsables d’infections respiratoires, sont fragiles et relativement exigeantes (Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Legionella pneumophila, Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae). Il faudra donc en tenir en compte lors du transport des sécrétions bronchopulmonaires, du choix des milieux d’isolement et de la méthode d’analyse.
Pour que l’analyse microbiologique des sécrétions bronchopulmonaires ait un sens, il faut tenir compte de ces difficultés en mettant en œuvre les techniques les plus adéquates et en veillant à une interprétation très critique des résultats.
Le choix de la méthode de prélèvement est capital. Voir la page Prélèvements des sécrétions bronchopulmonaires.
Traitement non différé de l’analyse
Dans l’idéal, le délai entre le prélèvement et l’analyse ne doit pas excéder 2 heures ; on évitera ainsi la prolifération des contaminants et la lyse des germes fragiles.
Cela permettra aussi d’éviter une conservation +4°C qui n’est pas recommandée en raison de la fragilité de certains agents infectieux comme Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae.
La N acétylcystéine à 5% a longtemps était utilisée comme fluidifiant. De nombreux laboratoires utilisent désormais un réactif appelé Digest-EUR® commercialisé par Eurobio.
La fluidification présente deux objectifs :
Une évaluation quantitative est nécessaire pour distinguer une infection d’une légère colonisation des bronches supérieure ou d’une contamination de l’expectoration lors de sa traversée des voies aériennes supérieures.
On considère que les germes isolés dans une expectoration ont généralement une signification pathologique lorsque leur nombre dépasse 107 par mL.
Les seuils de pathogénicité dépendent des techniques de prélèvements utilisées, ils sont rassemblés dans le tableau 5.
L’emploi de milieux d’isolement sélectifs facilitent l’isolement des germes pathogènes en particulier dans le cas d’infections plurimicrobiennes et améliorent l’orientation de leur identification. Parmi les milieux sélectifs adaptés, citons :
Ces kits permettent un diagnostic précoce des pneumonies à Streptococcus pneumoniae et Legionella pneumophila sérogroupe 1.
Le principe et la technique de ces tests sont consultables à cette page : Binax Now
A l’inverse des cultures, les résultats de ces tests ne sont pas affectés chez les sujets déjà traités par des antibiotiques.
La spécificité de ces tests est excellente. Cela signifie qu’en cas de positivité, il est quasi-certain que le patient présente une pneumonie à pneumocoque ou à Legionella pneumophila sérogroupe 1. En revanche, ils ne permettent pas de diagnostiquer les rechutes car ces antigènes restent présents longtemps après une pneumonie.
Ce test détecte un polyoside de la paroi du pneumocoque.
Il convient seulement au diagnostic des pneumonies (ne convient pas pour les BPCO).
La sensibilité du test dépend de la sévérité de l’infection pneumococcique? Cette sensibilité est d’environ 80% lors de pneumonie bactériémique et de 50% lors de pneumonie non bactériémique.
La spécificité est voisine de 100%.
La sensibilité du test est fonction de la gravité de la pneumonie. Elle dépend aussi du mode d’acquisition de la légionellose (sensibilité d’environ 80% dans les formes communautaires et seulement de 50% dans les formes nosocomiales).
Sa spécificité est supérieure à 95%.
Cependant, les antigènes urinaires tardent à apparaître. Ainsi, il faut compter au minimum un jour après le début de la maladie. Ensuite, ils persistent très longtemps.
Néanmoins ce test est précieux pour adapter l’antibiothérapie. En effet, il permet d’exclure l’usage de béta-lactamines, car les Legionella présentent une résistance naturelle à ce antibiotiques.
Les méthodes utilisant la PCR présentent deux avantages :
Ces méthodes sont ainsi utiles pour la recherche de :
Cependant ces méthodes présentent des limites pour les germes dont la signification pathologique passe par une évaluation quantitative, comme Streptococcus pneumoniae, elles sont dans l’impossibilité de distinguer colonisation et infection.
Notons également que les méthodes utilisant la PCR sont utilisées pour le diagnostic des infections virales.