La flore commensale des voies aériennes supérieures varie selon les sites (Tableau 1). Elle est particulièrement abondante au niveau du pharynx.
Elle est essentiellement constituée de streptocoques alpha hémolytiques (Streptococcus salivarius, S. mitis, S. sanguis, S. milleri...) et de bactéries anaérobies (Bacteroides melaninogenicus, Fusobacterium spp, Veillonella) qui adhèrent aux cellules de l’épithélium lingual et jugal.
Elle est le reflet de la flore de la muqueuse buccale, et contient un nombre élevé de bactéries (105-106/mL), avec une nette prédominance des streptocoques et particulièrement de S. salivarius.
Elle est abondante (108/mL) et de composition similaire à celle de la salive. Elle s’en distingue par la présence de streptocoques alpha hémolytiques, des anaérobies, des Haemophilus, des Neisseria et des Moraxella.
Elle se compose essentiellement de Staphylococcus epidermidis, de corynébactéries et dans une moindre mesure de streptocoques alphahémolytiques ou de Neisseria sp.
Elle est qualitativement proche de la flore cutanée (staphylocoques, microcoques et corynébactéries) mais limitée quantitativement par l’activité bactéricide du cérumen.
Tableau 1 : Flores commensales prédominantes des voies aériennes supérieures
A ces germes commensaux, s’ajoutent en petite quantité des bactéries en transit : entérobactéries, Pseudomonas
Certains sujets sont porteurs de germes potentiellement pathogènes comme Staphylococcus aureus au niveau des fosses nasales (un tiers des individus) et Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae et Streptococcus pyogenes au niveau du pharynx.