Un contrôle interne de qualité (CIQ) s’appuie sur des échantillons de contrôle pour lesquels les résultats attendus sont connus. De nombreux CIQ aux laboratoires de microbiologie nécessitent des souches de collection.
Une souche bactérienne correspond à l’ensemble des bactéries qui proviennent d’une bactérie « mère » par division directe. Si on considère qu’au cours de la multiplication bactérienne, aucune mutation n’est survenue alors toutes les bactéries issues de cette multiplication sont génétiquement identiques.
Contrôle interne de qualité de l’antibiogramme par la méthode des disques
Dans le CA-SFM-EUCAST, on trouve la liste des souches de collection nécessaires à ces CIQ et les diamètres attendus pour les disques testés ainsi que les limites de tolérance (limites acceptables)
Ci-dessous un extrait du CA-SFM-EUCAST 2021
Contrôle interne de qualité d’une galerie d’identification
La fiche technique de ces galeries propose une liste de souches de collection à tester et les résultats attendus à chaque test de la galerie pour chacune des souches préconisées. Il ne s’agit pas ici de contrôler la conformité de l’identification mais de vérifier test par test si on obtient chaque fois le résultat attendu.
Ci- dessous un extrait de la fiche technique de la galerie API 20 E (version 2019-06)
Se procurer et conserver des souches de collection
Il existe plusieurs collections de souches comme les collections ATCC (American Type Culture Collection) et CIP (Collection Institut Pasteur).
Ces souches sont habituellement commercialisées sous forme de pastilles lyophilisées, d’un liquide hydratant et d’un écouvillon pour l’ensemencement. Cette vidéo vous montre la régénération d’une souche de collection produite par Microbiologics : le dispositif KWIK-STIK™.
Pour que ces souches de collection puissent servir de CIQ, il faut conserver leurs caractères génotypiques et phénotypiques. Des repiquages successifs augmentent la probabilité d’apparition de mutation. Pour cette raison, il est conseillé de ne pas les repiquer plus de 4 fois.
Comme le nombre de repiquage est limité, il est possible de conserver les souches à très basse température (-80°C). On parle de cryoconservation.
Cryoconservation des souches avec des cryoperles
À -80°C, il se forme des cristaux de glace qui pourraient endommager les microorganismes. On prévient la formation de ces cristaux avec des cryoconservateurs comme le glycérol.
De nombreux laboratoires réalisent la cryoconservation de leur souche en utilisant des tubes en plastique contenant un milieu conservateur et des petites perles, appelée cryoperles.
Pour faciliter le rangement des différentes souches, ces tubes présentent des bouchons de couleur différente.
Source : Labellian
Mode opératoire
1. Prélever une colonie de la souche avec une anse inoculateur
Source : Labellian
2. Mettre en suspension la colonie dans le milieu de conservation présent dans un tube contenant les cryoperles.
Source : Labellian
3. Boucher le cryotube, l’agiter modérément afin que la souche imprègne les cryoperles.
Source : Labellian
4. Retirer le milieu de conservation restant avec une pipette. Boucher le cryotube et le congeler à -80°C
Récupération des souches après cryoconservation
Pour faire un réplicat de la souche d’origine : prélever une cryoperle à l’aide d’une anse sans décongélation préalable et la placer sur un milieu approprié en boîte de Petri.
Source : Labellian
Avantages
- Obtention jusqu’à 25 réplicats d’une même souche pour une utilisation progressive
- Création d’un réplicat sans décongélation de tout le tube cryogénique
- Minimise les risques de contaminations croisées