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Infection intestinale coproculture cas 1

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Coproculture

Contexte

Un patient de 45 ans souffre de diarrhées et présente de la fièvre, des douleurs abdominales, des vomissements. Il n’a pas voyagé récemment.

Son médecin prescrit une coproculture standard.

Résultats le premier jour d'analyse des selles
Aspect des selles
Liquides et marron
Gram objectif
X100
Flore polymicrobienne constituée de 70% de Gram – et 30% de Gram +
EF objectif
x40
Leucocytes : environ 6 /champ

Hématies : absence

Pas de bactérie présentant une mobilité « en vol de moucheron », pas de levures

Résultats des cultures après 24 h d'incubation
BCP à 37°CNombreuses petites et moyennes colonies jaunes. Rares colonies incolores.
Hektoen à 37°CPrésence de nombreuses colonies saumon et quelques colonies vertes avec centre noir.
Yersinia CIN à 30°CPas de culture
CAMPYLOSEL à 37°C sous atmosphère microaérobiePas de culture
Bouillon Mueller Kauffman à 37°CPrésence d’un trouble

Questions

Pour faire apparaitre la réponse, cliquez sur la question !

 

1. Interpréter les résultats des examens microscopiques des selles.

La flore est équilibrée.

La présence de nombreux leucocytes oriente vers une diarrhée inflammatoire.

Il ne semble pas qu’il y ait des Campylobacter ou des Vibrio car il n’a pas été observé de bactérie présentant une mobilité « en vol de moucheron ». Mais cela reste à confirmer en poursuivant la recherche des Campylobacter par la culture. En revanche, il n’était pas nécessaire d’ensemencer des milieux sélectifs des Vibrio car il n’y a pas de notion de voyage récent.

Pas de mycose.

Liens utiles
Coproculture

 

 

2. Interpréter les résultats de la culture sur milieu Hektoen en Jour 2

Les colonies vertes avec centre noir sur Hektoen sont lactose -, saccharose -, salicine – et H2S +. Elles peuvent être des Salmonella (pas des Shigella qui sont H2S -). En revanche, les colonies saumon utilisent un des glucides et ainsi ne peuvent être des Salmonella ou des Shigella.

 

 

3. Indiquer le travail que doit effectuer le technicien en Jour 2.

Réaliser au moins 5 tests uréase rapide comprenant chacun une colonie suspecte (colonies vertes à centre noir sur Hektoen). On peut également identifier par spectrométrie de masse MALDI TOF plusieurs de ces colonies suspectes (au moins 5).

Remise à l’étuve des milieux CIN et Campylosel.

Isolement de la culture en bouillon Muller Kauffman sur milieu chromogène sélectif des Salmonella. Dans le cas présent c’est la gélose SM2 qui a été ensemencée.

Résultats obtenus par le technicien en jour 2
Réalisation d’un seul test uréase rapide sur une seule colonie : la colonie testée est uréase +. Le technicien décide de ne pas poursuivre l’analyse de ces colonies suspectes.
Résultats obtenus par le technicien en jour 3
Pas de culture sur Yersinia CIN et Campylosel et culture sur le milieu SM2

SM2 Salmonella Eschericia coliSM2 Salmonella Eschericia coli
Culture sur le milieu SM2 ensemencée après enrichissement en milieu Muller Kauffman

 

4. Expliquer pourquoi le technicien n’a pas poursuivi l’identification des colonies suspectes sur Hektoen.

Le test uréase est positif or les Salmonella sont uréase –. La colonie suspecte n’était donc pas une Salmonella.

 

5. Indiquer les tests que doit effectuer le technicien en Jour 3.

Identifier les colonies mauves. Par exemple, par spectrométrie de masse ou en ensemençant une galerie API 20E accompagnée d’un contrôle de pureté sur BCP.

Ensemencer une gélose nutritive inclinée avec une suspension des colonies mauves.

Document utile
Fiche technique de la gélose SM2

 

6. Expliquer la couleur des colonies sur SM2 et justifier la poursuite de l’analyse à partir des colonies mauves.

Les colonies mauves sur SM2 sont estérase +, ß galactosidase – et ß glucosidase -, elles sont fortement suspectes d’être des Salmonella. On doit donc les identifier puis les sérotyper si nécessaire.

Les colonies bleues sont estérase -, ß galactosidase et /ou ß glucosidase +, ce ne sont pas des Salmonella.

Document utile
Fiche technique de la gélose SM2

 

7. Que dire de l’absence de culture sur milieux CIN et Campylosel.

Pas de culture sur Yersinia CIN et Campylosel après 48h = Absence de Yersinia et de Campylobacter dans les selles.

 

Résultats de la galerie API20E ensemencée avec les colonies mauves sur SM2

Lecture du contrôle de pureté = un seul type de colonie

API 20E Salmonella Coproculture

8. Lire la galerie API 20 E et établir le code.

On observe un seule type de colonie sur le contrôle de pureté, la suspension utilisée pour ensemencer la galerie n’a pas été contaminée.

Profil API 20 E Salmonella enteritidis

Document utile
Fiche lecture galerie API20E
Fiche technique de la galerie API 20E

 

9. Saisir le code sur l’identifieur "api" et identifier les colonies incolores d’Uriselect 4.

La galerie API 20E présente un profil caractéristique de Salmonella spp.

Liens utiles
Identifieur « api » d’UPBM le Lab (un grand merci à Antoine Gaudin et Jean-Noël Joffin !)

 

 

10. Justifier l’intérêt d’ensemencer une gélose nutritive inclinée.

La gélose nutritive inclinée permet d’obtenir une culture en atmosphère humide, condition nécessaire à l’identification des antigènes H lors d’un sérotypage.

Résultats du sérotypage
pas d’agglutination en eau physiologique,
OMA +
O4,5
O9+
Hm

 

11. Déterminer le sérotype en expliquant le raisonnement.

pas d’agglutination en eau physiologique = la souche n’est pas autoagglutinable

On choisit les sérums en fonction de la fréquence d’isolement des différents sérotypes. Dans le document « Sérotypage des Salmonella« , les sérotypes sont classés par ordre de fréquence. Cependant pour économiser les sérums, on commence toujours par des sérums polyvalents.

OMA + : la souche appartient à un des groupes suivants : A, B, D, E ou L

O4,5 – : la souche n’appartient pas au groupe B,

O9+ : la souche appartient au groupe D,

Hm + : la souche appartient au sérotype Salmonella Enteritidis.

Liens utiles
Sérotypage des Salmonella

 

12. Proposer une conclusion à cette analyse.

Ce patient présente une diarrhée causée par une souche de Salmonella Enteritidis.

La souche est envoyée à l’Institut Pasteur pour vérifier le sérotype et le médecin doit déclarer ce cas de TIAC aux autorités sanitaires.

 

13. Expliquer pourquoi le technicien n’a pas trouvé de salmonelles sur la gélose Hektoen.

En ne testant qu’une seule colonie suspecte sur le milieu Hektoen, le technicien réduit la probabilité de prélever une colonie de Salmonella. Comme le sujet présente des troubles, des colonies de Salmonella devaient probablement être présentes sur cette gélose mais le technicien est probablement « passé à côté ».

C’est pourquoi il est recommandé de tester au moins 5 colonies suspectes.

Le milieu d’enrichissement en favorisant la multiplication des Salmonella a permis de les retrouver plus facilement sur milieu chromogène SM2 le 3ème jour.

 

FIN DE L’ÉTUDE DE CAS

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