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Infection urinaire cas 6

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ECBU

Contexte
Un homme de 78 ans, présente de la fièvre, des douleurs lombaires et ressent des brûlures lors de la miction. Il ne porte pas de sonde urinaire et ne prend pas de traitement antibiotique.

Résultats le premier jour d'analyse de l'urine
Aspect de l’urine Trouble
EF objectif x40 en cellule de Malassez 107 leucocytes/mLphosphate ammoniaco magnésien

106 hématies/mL

Assez nombreuses cellules urothéliales

Très nombreux cristaux (voir photo) et quelques cylindres granuleux et leucocytaires.

Gram sur le culot de centrifugation Amas de petits bacilles à Gram positif
Résultats des cultures après 24 h d'incubation à 37°C
CLED
Ensemencée avec la technique à l’anse calibrée de 10 µL.

Pas de culture

Gélose au sang incubée sous atmosphère enrichi en CO2 Très fine culture
Résultats des cultures après 48 h d'incubation à 37°C
CLED
Ensemencée avec la technique à l’anse calibrée de 10 µL.

Minuscules colonies grisâtres lactose –

106 UFC/mL

Gélose au sang incubée sous atmosphère enrichi en CO2 Petites colonies blanchâtres, opaques, lisses, convexes et non hémolytiques.

Questions

Pour faire apparaitre la réponse, cliquez sur la question !

 

1. Identifier les cristaux.

Les cristaux observés ont une forme de « couvercle de cercueil ». Ce sont des cristaux de phosphate ammoniaco-magnésien (également appelé struvite). Leur présence est anormale. On les observe en particulier dans les urines alcalines.

 

 

 

2. Commenter les résultats de l’analyse bactériologique.

Le germe présent dans cette urine cultive lentement. La présence de petits bacilles à Gram positif associée à une culture lente oriente vers une corynébactérie. C’est pourquoi les boites ont été réincubées 24h de plus sous une atmosphère enrichie en CO2

 

 

 

3. Indiquer les tests que doit effectuer le technicien en Jour 3.

Réaliser un Gram et un test catalase sur les colonies non hémolytiques.

Résultats du Gram et du test catalase.
Coccobacilles à Gram positif, groupés en V ou en palissades, catalase +.

 

 

 

4. Proposer une méthode d’identification du germe isolé

Ensemencer une galerie API CORYNE et un contrôle pureté sur gélose au sang.

On pourrait aussi les identifier par spectrométrie de masse MALDI-TOF.

Résultats de la galerie API CORYNE
Lecture du contrôle de pureté sur gélose au sang = un seul type de colonie.

API Coryne
Profil de la galerie API CORYNE

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5. Lire la galerie API CORYNE et établir le code.

On observe un seule type de colonie sur le contrôle de pureté, la suspension utilisée pour ensemencer la galerie n’a pas été contaminée.

Profil API Coryne Corynbacterium urealyticum

Document utile
Fiche lecture API CORYNE

Fiche technique de la galerie API Coryne

 

 

6. Saisir le code sur l’identifieur "api" et identifier le germe isolé

La galerie API CORYNE présente un profil caractéristique de Corynebacterium urealyticum .

Liens utiles
Identifieur « api » d’UPBM le Lab (un grand merci à Antoine Gaudin et Jean-Noël Joffin !)

 

 

7. Proposer une conclusion à cette analyse.

Corynebacterium urealyticum appartient au groupe 2 des germes urinaires. Le seuil d’uropathogénéicité est de 104 UFC/mL.
Sa concentration dans cette urine est de 106 UFC/mL ce qui est supérieur au seuil.

En outre la leucocyturie est de 107 leucocytes/mL, ce qui est largement supérieur au seuil de 104 leucocytes/mL.

Ce patient fait donc une infection urinaire à Corynebacterium urealyticum. (tableau B ligne 1). Il faut réaliser un antibiogramme.

Liens utiles
Interprétation des résultats d’un ECBU

 

 

8. Préciser pourquoi il est important d’identifier avec précision cette souche.

Il était important d’identifier cette souche car le groupe d’uropathogénicité des corynébactéries varie selon les espèces. Ainsi Corynebacterium urealyticum appartient au groupe 2 d’uropathogénicité alors que les autres espèces de corynébactéries appartiennent au groupe 4 d’uropathogénicité. Quand ces dernières sont retrouvées dans les urines, ce sont généralement des contaminants provenant de la flore commensale de l’urètre distale.

 

 

9. Expliquer la formation des cristaux.

Cette espèce possède une uréase. Or l’uréase hydrolyse l’urée présente dans l’urine, ce qui entraine une alcalinisation de l’urine. Le pH alcalin favorise la formation de cristaux de phosphates ammoniaco-magnésiens.

 

 

FIN DE L’ÉTUDE DE CAS

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