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Infection intestinale coproculture cas 7

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Coproculture

Contexte

Un homme de 35 ans souffre de diarrhées accompagnées de douleurs abdominales et de vomissements. Il a de la fièvre. Il n’a pas voyagé récemment.

Le médecin prescrit une coproculture standard.

Résultats le premier jour d'analyse des selles
Aspect des selles
Muco-purulentes
Gram objectif
X100
Flore polymicrobienne constituée de 70% de Gram – et 30% de Gram +
EF objectif
x40
Leucocytes : environ 15 /champ

Hématies : 5/champ

Pas de bacille mobile par ciliature polaire, pas de levures

 

Questions

Pour faire apparaitre la réponse, cliquez sur la question !

 

1. Interpréter les résultats des examens microscopiques des selles.

La flore est équilibrée.

La présence de nombreux leucocytes oriente vers une diarrhée inflammatoire.

Il ne semble pas qu’il y ait des Campylobacter ou des Vibrio car il n’a pas été observé de bactérie présentant une mobilité « en vol de moucheron ». Mais cela reste à confirmer en poursuivant la recherche des Campylobacter par la culture. En revanche, il n’était pas nécessaire d’ensemencer des milieux sélectifs des Vibrio car il n’y a pas de notion de voyage récent.

Pas de mycose.

Liens utiles
Coproculture

 

 

Résultats des cultures après 24 h d'incubation
BCP à 37°CTrès nombreuses colonies jaunes et quelques colonies incolores
SS à 37°CTrès nombreuses colonies saumon et quelques colonies vertes sans centre noir, mal isolées
Yersinia CIN à 30°CPas de culture
CAMPYLOSEL à 37°C sous atmosphère microaérobiePas de culture
Bouillon Rappaport à 37°CPrésence d’un trouble
2. Interpréter les résultats des cultures obtenues en Jour 2

Les colonies vertes sans centre noir sur Hektoen sont lactose -, saccharose -, salicine – et H2S -. Elles peuvent être des Salmonella ou des Shigella. En revanche, les colonies saumon utilisent un des glucides et ainsi ne peuvent être des Salmonella ou des Shigella.

 

 

3. Indiquer le travail que doit effectuer le technicien en Jour 2.

Réaliser au moins 5 tests uréase rapide comprenant chacun une colonie suspecte (colonies vertes à centre noir sur Hektoen). On peut également identifier par spectrométrie de masse MALDI TOF plusieurs de ces colonies suspectes (au moins 5).

Remise à l’étuve des milieux CIN et Campylosel.

Faire un isolement sur milieu chromogène sélectif des Salmonella de la culture en bouillon Rappaport. Dans le cas présent c’est la gélose SM2 qui a été ensemencée.

Résultats obtenus par le technicien en jour 2
Les 5 colonies testées sont uréase -.

 

 

 

4. Indiquer comment le technicien poursuit l’analyse des colonies suspectes sur Hektoen

Ajouter 5 mL d’eau distillée stérile à une suspension « uréase négative » et, ensemencer avec, une galerie d’identification associée à un contrôle de pureté sur BCP. Dans le cas présent, le technicien a choisi une API 20E.

Il faut également ensemencer une gélose nutritive en pente pour un éventuel sérotypage.

Résultats obtenus par le technicien en jour 3

Pas de culture sur Yersinia CIN et Campylosel

Culture sur le milieu SM2 avec présence de nombreuses colonies bleues et de rares colonies incolores sur le milieu SM2.

Identification de la colonie suspecte sur Hektoen

Lecture du contrôle de pureté = nombreuses petites colonies incolores et quelques colonies jaunes plus grosses

API 20E Escherichia coli

Le technicien décide de lire cette galerie.

 

 

 

5. Interpréter les résultats des cultures sur Yersinia CIN, Campylosel et SM2

Pas de culture sur Yersinia CIN après 48h : Absence de Yersinia dans les selles.

Pas de culture sur Campylosel après 48h : Absence de Campylobacter dans les selles.

Absence de colonies mauves sur SM2 : Absence de Salmonella dans les selles

 

 

 

6. Lire la galerie API 20 E utilisées pour identifier les colonies suspectes et établir le code.

Profil API 20E Escherichia coli

Document utile
API 20E Escherichia coli

Fiche lecture galerie API20E

Fiche technique de la galerie API 20E

 

7. Saisir le code sur l’identifieur "api" et identifier les colonies suspectes sur Hektoen.

La galerie API 20E présente un profil caractéristique de Escherichia coli.

Liens utiles
Identifieur « api » d’UPBM le Lab (un grand merci à Antoine Gaudin et Jean-Noël Joffin !)

 

 

8. Proposer une conclusion à ce stade de l’analyse.

La colonie suspecte sur Hektoen a été identifiée comme un Escherichia coli. Mais cette identification n’est pas valable car le contrôle de pureté présente deux types de colonies. La galerie a donc été ensemencée avec une suspension contenant deux germes.

Descendez bien plus bas pour voir la suite du questionnaire.

ATTENTION ! Ce n’est pas fini, la suite est plus bas. »

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

9. Indiquer ce que doit faire le technicien

Il doit ensemencer, avec une suspension préparée à partir des colonies incolores sur le contrôle de pureté, une nouvelle galerie API20E + contrôle de pureté sur BCP + gélose inclinée pour un éventuel sérotypage.

Résultats de la galerie d'identification après 24 h d'incubation

Lecture du contrôle de pureté sur BCP = un seul type de colonie (petites colonies incolores)

Profil API 20E Shigella flexneri

 

10. Lire la galerie API 20 E et établir le code.

Profil API 20E Shigella flexneri

Document utile
Fiche lecture galerie API20E
Fiche technique de la galerie API 20E
11. Saisir le code sur l’identifieur "api" et identifier les colonies suspectes.

La galerie API 20E identifie Shigella spp avec une probabilité de 72,1%. Ensuite vient Escherichia coli avec une probabilité de 17,9 % puis Yersinia pestis avec une probabilité de 9,5%.

Liens utiles
Identifieur « api » d’UPBM le Lab (un grand merci à Antoine Gaudin et Jean-Noël Joffin !)

 

 

 

12. Proposer une conclusion à cette analyse

S’il s’agit bien d’une Shigella (probabilité 72,1%), le sujet présente alors une infection intestinale à Shigella spp.

 

 

 

13. Expliquer pourquoi la première galerie ensemencée a donné un profil caractéristique d’Escherichia coli alors que la suspension utilisée pour l’ensemencer contenait un mélange de Shigella spp et d’Escherichia coli.

Shigella spp présente très peu de caractères positifs en API 20E et le peu qu’elle possède sont en commun avec Escherichia coli. Ainsi la présence de Shigella dans la suspension ne perturbe pas le profil caractéristique d’un Escherichia coli.

profil API 20E comparé Escherichia Shigella

profil API 20E comparé Escherichia Shigella

 

 

 

 

14. Imaginer la conclusion de l’analyse si un contrôle de pureté n’avait pas été effectué en parallèle de la première galerie d’identification. Justifier le choix de la gélose BCP comme contrôle de pureté.

Le technicien aurait pu conclure à une absence de Shigella dans les selles. En prélevant les colonies de Shigella pour réaliser le test uréase rapide, il a malencontreusement récupéré un petit peu d’Escherichia coli mais suffisamment pour perturber l’identification.

Ces résultats montrent l’importance d’une observation attentive du contrôle de pureté. Si le milieu utilisé n’avait pas été lactosé, la distinction entre les colonies de Shigella (lactose -) et celles d’E. coli (lactose +) aurait été plus difficile avec un risque de diagnostic erroné. Le milieu BCP convient pour le contrôle de pureté car il est à la fois non sélectif et lactosé.

 

 

 

15. Revenons un peu sur les résultats de l’identification. La galerie API 20E identifie Shigella spp avec une probabilité de 72,1%. Ensuite vient Escherichia coli avec une probabilté de 17,9 % puis Yersinia pestis avec une probabilité de 9,5%. Que conclure ?

L’identification n’est pas certaine et dans le cas présent, il est nécessaire de s’assurer que c’est une Shigella en pratiquant un sérotypage.

Résultats du sérotypage

Pas d’agglutination en eau physiologique,

Sérum D : pas d’agglutination

Sérum polyvalent B : agglutination

 

 

 

 

16. Interpréter les résultats du sérotypage

Pas d’agglutination en eau physiologique : la souche n’est pas autoagglutinable

Pas d’agglutination avec le sérum D : la souche n’appartient pas à l’espèce Shigella sonnei

Agglutination avec le sérum B : la souche est une Shigella flexneri.

 

 

 

FIN DE L’ÉTUDE DE CAS

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