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Infection bronchopulmonaire cas 4

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Examen cytobactériologique des sécrétions bronchopulmonaires

Contexte

Afin de prévenir une infection des voies respiratoires basses chez des sujets sous respiration assistée, il est nécessaire d’aspirer, par la sonde d’intubation, les sécrétions bronchiques quand elles s’accumulent. L’aspiration endotrachéale est quelquefois analysée par le laboratoire de microbiologie. C’est le cas ici.

Résultats le premier jour d'analyse du crachat
Aspect de l’aspiration endotrachéale
Mucopurulent
Gram objectif
X100
Très nombreux bacilles Gram négatifs fins et droits – largement majoritaires
MGG objectif x1015 cellules épithéliales pharyngées par champ

Plus de 25 granulocytes par champ

Pas de macrophages alvéolaires

 

Questions

Pour faire apparaitre la réponse, cliquez sur la question !

 

1. Indiquer si cette aspiration endotrachéale remplit les conditions nécessaires à une analyse bactériologique.

L’aspiration trachéale est modérément contaminée par la salive (seulement 15 cellules épithéliales pharyngées/champ).

Le nombre de granulocytes par champ est supérieur à 25 ce qui indique que le prélèvement provient probablement du foyer infectieux.

Selon la classification de Murray et Washington, c’est un crachat de classe 4 donc de  qualité acceptable. Il peut être mis en culture.

Liens utiles
Évaluation de la qualité du prélèvement

 

 

 

Résultats des cultures après 24 h d'incubation à 37°C. Les géloses ont toutes été ensemencées avec 100 µL d'une dilution 10^-2 de l'aspiration endotrachéale.
Dilution finale à 10-2
Drigalski250 colonies de 2 mm de diamètre, plates,  à bords irréguliers et lactose –
Gélose au sang + ANC sous atmosphère enrichie en CO214 petites colonies alpha hémolytiques et 5 colonies blanches, opaques et non hémolytiques
Gélose chocolat enrichie sous atmosphère enrichie en CO2270 colonies plates, grisâtres, de 4 mm de diamètre et à bords irréguliers

9 petites colonies entourées d’un halo verdâtre et 4 colonies blanches

 

 

2. Orienter l’identification des différents germes présents dans cette aspiration endotrachéale.

La culture sur la gélose Drigalski indique que le crachat contient des bacilles à Gram négatif non exigeants. Les bacilles à Gram négatif sont généralement sensibles à l’association ANC (Acide nalidixique + colistine), c’est pourquoi ils n’ont pas cultivé sur la GS + ANC. Par contre ils cultivent très bien sur la gélose chocolat enrichie. En effet cette gélose est à la fois riche et non sélective. On n’observe sur les géloses Drigalski et chocolat enrichie qu’un seul type de colonie, c’est donc très probablement le même bacille qui a cultivé sur ces deux géloses. La différence de taille des colonies sur ces deux milieux peut s’expliquer par le fait que la gélose chocolat est plus riche que la gélose Drigalski.

La culture sur la GS + ANC indique que ce crachat contient très probablement deux types de bactéries à Gram positif. La culture des bactéries à Gram positif est inhibée sur la gélose Drigalski. Sans surprise, ils semblent avoir cultivé sur la gélose chocolat enrichie.

 

 

 

3. Estimer la concentration des différents germes présents dans cette aspiration endotrachéale.

La concentration dans le crachat du bacille à Gram négatif est voisine de 2,7. 105 UFC/mL.

Pour ce calcul, on utilise la formule suivante : C = (n/V) x (1/dilution)
Ainsi pour n = 1 (une colonie) ; V = 100 µL soit 10-1 mL et dilution = 10-2
on trouve C = (270/10-1) x (1/10-2) = 2,7. 105 UFC/mL.

La concentration dans le crachat du germe alpha hémolytique sur la gélose au sang + ANC est de 1,4. 104 UFC/mL et celui formant des colonies opaques  a une concentration de 5. 103 UFC/mL

 

 

 

4. Expliquer pourquoi seule l’identification du bacille à Gram négatif est nécessaire.

Le seuil au delà duquel on considère que le microorganisme est responsable d’une infection est de 105 UFC/mL dans le cas d’aspiration endotrachéale. Ce seuil est franchi seulement pour le bacille.

 

 

 

5. Indiquer les tests à effectuer pour poursuivre l’identification du bacille.
  • Réaliser un test oxydase.
Résultat du test oxydase

Le test oxydase est positif.

 

 

 

6. Proposer une orientation de l’identification et une liste des tests à effectuer

ORIENTATION vers Pseudomonas, Burkholderia et genres apparentés.

  • Ensemencement d’une galerie API 20 NE, d’une gélose VF et d’un contrôle de pureté sur gélose TCS
  • Antibiogramme sur gélose Mueller Hinton en déposant les disques préconisés par le CA-SFM EUCAST.
Résultats de la galerie d'identification
Un seul type de colonie sur la gélose TCS.

Le germe a cultivé seulement à la surface de la gélose VF.

API 20NE Pseudomonas aeruginosaRésultats de la galerie API 20NE après 24h d’incubation à 30°C

 

 

 

7. Lire la galerie API 20 NE.

profil API 20 NE Pseudomonas aeruginosa

Document utile
fiche de lecture API 20 NE
Fiche technique de la galerie API NE

 

 

 

8. Identifier le bacille.

Le contrôle de pureté est valide car on observe un seul type de colonie sur la gélose TCS.

Le type respiratoire aérobie stricte confirme l’orientation vers Pseudomonas, Burkholderia et genres apparentés.

La galerie API NE présente un profil caractéristique de Pseudomonas aeruginosa.

Liens utiles
Identifieur « api » d’UPBM le Lab (un grand merci à Antoine Gaudin et Jean-Noël Joffin !)

 

 

 

 

9. Étudier la sensibilité à la ceftazidime de cette souche.

On note un antagonisme entre ces deux antibiotiques, en effet l’imipenem est un fort inducteur de la synthèse de la céphalosporinase naturelle. L’activité de la céphalosporinase est donc forte entre les deux disques et, en conséquence, la ceftazidime est à cette endroit davantage hydrolysée et ne peut diffuser aussi loin du disque. Ainsi entre ces deux disques, une culture se développe à proximité du disque de ceftazidime.

Cet antagonisme rend difficile la mesure du diamètre d’inhibition autour de la ceftazidime : il faut mesurer un rayon d’inhibition en partant du centre du disque jusqu’au bord de la zone d’inhibition dans la direction opposée au disque d’imipenem puis le multiplier par 2.

lecture antagonisme

Le rayon est ici de 14 mm. Le diamètre d’inhibition est donc de 28 mm. Ce diamètre est supérieur à 17 mm, la souche est donc sensible.

La céphalosporinase est en fait produite en trop petite quantité pour que la bactérie résiste à ces deux antibiotiques. C’est un phénotype céphalosporinase bas niveau.

Antibiogramme sur milieu MH-F après 24h d'incubation à 30°C

antagonismeCAZ : Ceftazidime          IPM = Imipenem
Rappel : un disque d’antibiotique a un diamètre de 6 mm.

Liens utiles
CASFM-EUCAST 2019

 

 

 

 

 

FIN DE L’ÉTUDE DE CAS

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