Seuls le gland et l’urètre antérieur présentent une flore commensale. Elle est peu abondante, polymicrobienne et composée essentiellement de Staphylococcus epidermidis et de lactobacilles auxquels peuvent s’associer en petit nombre des corynébactéries, des entérocoques, des entérobactéries, des anaérobies stricts, des mycoplasmes (Ureaplasma spp), et même parfois des Streptococcus agalactiae.