Les mycobactéries non tuberculeuses (appelées aussi « atypiques ») sont désormais identifiées seulement par des méthodes de biologie moléculaire.
À partir du prélèvement après amplification génique (biologie moléculaire)
Biocentric commercialise une bandelette Genotype® Mycobacteria Direct (NASBA + hybridation inverse) capable d’identifier les mycobactéries non tuberculeuses les plus fréquentes ainsi que celles appartenant au complexe tuberculosis. Le principe général des bandelettes Genotype® est présenté sur cette page. Les espèces identifiées sont
- le complexe tuberculosis (HS ici non puisqu’on est dans la partie des mycob non tuberculeuses)
- M.avium
- M.intracellulare
- M.kansasii
- M.malmoense.
La procédure complète comprend 3 phases :
- pour commencer, on réalise une extraction de l’ARN à partir d’échantillons décontaminés par captures sur billes magnétiques ;
- ensuite on réalise une amplification génique par technique NASBA
- puis d’une hybridation inverse (Cf 5.3.2 et fig 17)
À partir d’une culture sur milieu solide ou liquide
Différents kits permettent d’identifier les mycobactéries non tuberculeuses.
Par exemple, Gen-Probe commercialise des sondes, marquées avec un ester d’acridinium, identifiant les mycobactéries non tuberculeuses les plus fréquentes au laboratoire : M. avium, M. intracellulare, M. kansasii et M. gordonae. Ces sondes remplacent les sondes spécifiques aux bacilles tuberculeux du système Accuprobe présenté en 5.2.2.
D’un autre côté, Biocentric commercialise aussi :
- un kit pour identifier les mycobactéries atypiques communes = GenoType® Mycobacterium CM (Common Mycobacteria)
- un kit pour identifier les mycobactéries atypiques les plus rares = GenoType® Mycobacterium AS (Additional species) Le principe est identique au test GenoType® Mycobacterium/MTBC (Cf partie 5.3.2) = PCR multiplex + hybridation inverse
Enfin Innogenetics commercialise INNO-LIPA Mycobacteria qui identifie le complexe tuberculosis et différencie 16 espèces de mycobactéries non tuberculeuses = PCR de l’espace intergénique entre les gènes ribosomiques 16S et 23S + hybridation inverse.