Coproculture
Un patient de 45 ans souffre de diarrhées et présente de la fièvre, des douleurs abdominales, des vomissements. Il n’a pas voyagé récemment.
Son médecin prescrit une coproculture standard.
| Aspect des selles |
Liquides et marron |
| Gram objectif X100 |
Flore polymicrobienne constituée de 70% de Gram – et 30% de Gram + |
| EF objectif x40 |
Leucocytes : environ 6 /champ
Hématies : absence Pas de bactérie présentant une mobilité « en vol de moucheron », pas de levures |
| BCP à 37°C | Nombreuses petites et moyennes colonies jaunes. Rares colonies incolores. |
| Hektoen à 37°C | Présence de nombreuses colonies saumon et quelques colonies vertes avec centre noir. |
| Yersinia CIN à 30°C | Pas de culture |
| CAMPYLOSEL à 37°C sous atmosphère microaérobie | Pas de culture |
| Bouillon Mueller Kauffman à 37°C | Présence d’un trouble |
Questions
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La flore est équilibrée.
La présence de nombreux leucocytes oriente vers une diarrhée inflammatoire.
Il ne semble pas qu’il y ait des Campylobacter ou des Vibrio car il n’a pas été observé de bactérie présentant une mobilité « en vol de moucheron ». Mais cela reste à confirmer en poursuivant la recherche des Campylobacter par la culture. En revanche, il n’était pas nécessaire d’ensemencer des milieux sélectifs des Vibrio car il n’y a pas de notion de voyage récent.
Pas de mycose.
| Liens utiles |
| Coproculture |
Les colonies vertes avec centre noir sur Hektoen sont lactose -, saccharose -, salicine – et H2S +. Elles peuvent être des Salmonella (pas des Shigella qui sont H2S -). En revanche, les colonies saumon utilisent un des glucides et ainsi ne peuvent être des Salmonella ou des Shigella.
Réaliser au moins 5 tests uréase rapide comprenant chacun une colonie suspecte (colonies vertes à centre noir sur Hektoen). On peut également identifier par spectrométrie de masse MALDI TOF plusieurs de ces colonies suspectes (au moins 5).
Remise à l’étuve des milieux CIN et Campylosel.
Isolement de la culture en bouillon Muller Kauffman sur milieu chromogène sélectif des Salmonella. Dans le cas présent c’est la gélose SM2 qui a été ensemencée.
| Réalisation d’un seul test uréase rapide sur une seule colonie : la colonie testée est uréase +. Le technicien décide de ne pas poursuivre l’analyse de ces colonies suspectes. |
| Pas de culture sur Yersinia CIN et Campylosel et culture sur le milieu SM2
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Le test uréase est positif or les Salmonella sont uréase –. La colonie suspecte n’était donc pas une Salmonella.
Identifier les colonies mauves. Par exemple, par spectrométrie de masse ou en ensemençant une galerie API 20E accompagnée d’un contrôle de pureté sur BCP.
Ensemencer une gélose nutritive inclinée avec une suspension des colonies mauves.
| Document utile |
| Fiche technique de la gélose SM2 |
Les colonies mauves sur SM2 sont estérase +, ß galactosidase – et ß glucosidase -, elles sont fortement suspectes d’être des Salmonella. On doit donc les identifier puis les sérotyper si nécessaire.
Les colonies bleues sont estérase -, ß galactosidase et /ou ß glucosidase +, ce ne sont pas des Salmonella.
| Document utile |
| Fiche technique de la gélose SM2 |
Pas de culture sur Yersinia CIN et Campylosel après 48h = Absence de Yersinia et de Campylobacter dans les selles.
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Lecture du contrôle de pureté = un seul type de colonie
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On observe un seule type de colonie sur le contrôle de pureté, la suspension utilisée pour ensemencer la galerie n’a pas été contaminée.
| Document utile |
 Fiche technique de la galerie API 20E |
La galerie API 20E présente un profil caractéristique de Salmonella spp.
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| Identifieur « api » d’UPBM le Lab (un grand merci à Antoine Gaudin et Jean-Noël Joffin !) |
La gélose nutritive inclinée permet d’obtenir une culture en atmosphère humide, condition nécessaire à l’identification des antigènes H lors d’un sérotypage.
| pas d’agglutination en eau physiologique, OMA + O4,5 – O9+ Hm |
pas d’agglutination en eau physiologique = la souche n’est pas autoagglutinable
On choisit les sérums en fonction de la fréquence d’isolement des différents sérotypes. Dans le document « Sérotypage des Salmonella« , les sérotypes sont classés par ordre de fréquence. Cependant pour économiser les sérums, on commence toujours par des sérums polyvalents.
OMA + : la souche appartient à un des groupes suivants : A, B, D, E ou L
O4,5 – : la souche n’appartient pas au groupe B,
O9+ : la souche appartient au groupe D,
Hm + : la souche appartient au sérotype Salmonella Enteritidis.
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| Sérotypage des Salmonella |
Ce patient présente une diarrhée causée par une souche de Salmonella Enteritidis.
La souche est envoyée à l’Institut Pasteur pour vérifier le sérotype et le médecin doit déclarer ce cas de TIAC aux autorités sanitaires.
En ne testant qu’une seule colonie suspecte sur le milieu Hektoen, le technicien réduit la probabilité de prélever une colonie de Salmonella. Comme le sujet présente des troubles, des colonies de Salmonella devaient probablement être présentes sur cette gélose mais le technicien est probablement « passé à côté ».
C’est pourquoi il est recommandé de tester au moins 5 colonies suspectes.
Le milieu d’enrichissement en favorisant la multiplication des Salmonella a permis de les retrouver plus facilement sur milieu chromogène SM2 le 3ème jour.
| FIN DE L’ÉTUDE DE CAS |